Dauguma Peru upių priklauso didžiausios pasaulio upės - Amazonės - baseinui.
Javari upė
Zhavari yra viena iš upių, esančių centrinėje Pietų Amerikos dalyje. Geografiškai upės vaga priklauso dviem šalims - Peru ir Brazilijai. Bendras kanalo ilgis yra 1056 kilometrai. Javari eina per šiaurės vakarų Brazilijos dalį ir yra dešinysis Amazonės intakas.
Upės šaltinis yra Peru Andų šlaituose (La Montagna). Tada jis nusileidžia nuo kalnų ir likusiai srovei yra natūrali siena tarp Brazilijos ir Peru.
Upė gali plaukioti 500 kilometrų aukštyn nuo žiočių. Lietaus sezono metu, kuris tęsiasi nuo sausio iki gegužės, plaukiojančios atkarpos ilgis padidėja.
Girua upė
Girouis yra vienas iš daugelio dešinių Amazonės intakų. Bendras upės ilgis yra 3280 kilometrų. Šaltinis yra La Montia (Peru) miestas, esantis Peru Andų papėdėje.
Upė yra plaukiojama 1823 kilometrus nuo jos santakos (iki Cruzeiro do Sul savivaldybės teritorijos). Upės baseinas yra apgyvendintas, bet daugiausia vidurinėje upės dalyje.
Kurarų upė
Kurarai yra viena iš Pietų Amerikos upių, esančių dviejų šalių - Ekvadoro ir Peru - teritorijoje. Tai yra dešinysis Napo upės intakas. Upės šaltinis yra rytinė Andų papėdė.
Bendras kanalo ilgis yra 800 kilometrų. Ir eina per Pastas (Ekvadoro provincija) ir Loreto (Peru regionas) teritoriją. Peru teritorija yra 414 kilometrų ilgio. Kurarai yra gilūs ištisus metus, tačiau plaukioja tik žemupyje. Upės vaga eina per retai apgyvendintas vietoves. Upės pakrantėse gyvena daugiausia indėnų tautos - Vaorani ir Kečua.
Madre de Dios upė
Madre de Dios eina per dviejų šalių - Peru ir Bolivijos - teritoriją ir priklauso Amazonės baseinui. Bendras upės vagos ilgis yra 640 kilometrų.
Upės šaltinis yra Peru Anduose.
Madre de Dios yra vienas iš svarbiausių vandens kelių, esančių viršutiniame Amazonės rajone. Ant upės krantų yra didelis uostamiestis - Puerto Maldonado. Po jo upė yra plaukiojama.
Upės slėnis aktyviai naudojamas mangų auginimui. Be to, čia išgaunamas auksas, taip pat medienos ruoša pramoniniu mastu. Upės pakrantėje yra keletas saugomų gamtos teritorijų.
Mantaro upė
Upės vaga yra tik Peru ir yra 724 kilometrų ilgio. Mantaro yra Apurimaca upės atšaka. Geografiškai eina per šių provincijų žemes: Juninas; Yauli; Hauka; Concepcion; Huancayo.
