Tradiciškai Nepalo upes galima suskirstyti į tris kategorijas (priklausomai nuo maisto rūšies). Pirmosios yra upės, kurias maitina tirpstantys ledynai. Antroji - upės, kilusios iš Mahabharato kalnagūbrio. Dar kiti yra įvairūs upeliai ir upės, kurių šaltinis yra Sivaliko ketera.
Bagmati upė
Bagmati eina per centrinio Nepalo žemes ir Indijos Biharo valstiją. Upės šaltinis yra kalnuose ir susidaro dėl kelių neįvardytų upelių santakos (apie 15 kilometrų nuo Katmandu).
Bagmati vandenys yra šventi tiek induizme, tiek budizme. Upės pakrantėje yra daug induistų šventyklų.
Baruno upė
Barunas eina per rytines centrinio Nepalo teritorijas ir yra dešinysis Aruno upės intakas.
Upės šaltinis yra Berun ledynai, esantys ant Makalu kalno. Pagrindinė srovės kryptis yra rytai ir pietryčiai. Upė yra Kosi upių sistemos dalis, apimanti tokias dideles upes kaip: Arūnas; Tamuras; Sun-Kosi; Indravati; Dudhas Kosi; Bhola Kosi.
Gandako upė
Upė teka per Nepalo ir Indijos teritoriją. Gandakas yra viena iš keturių didžiausių Nepalo upių. Upės ištakos yra Himalajuose, dviejų upių santakoje: Muztang Khola; Kyugoma Khola. Aukštupyje upė vadinama Kali-Gandak. Gandako santaka yra Gango upės vandenys. Upės slėnis buvo prekybos kelias, jungiantis Indiją ir Tibetą.
Gandako upės slėnis įdomus ir tuo, kad dalija Didžiąją Himalajų grandinę į dvi dalis, einančias tarp dviejų viršūnių - Anapuros ir Daulagiri.
Ghaghra upė
Ghaghra eina per trijų valstijų žemes - Nepalas, Kinija ir Indija. Bendras srovės ilgis yra 950 kilometrų ir tai yra giliausias vandens srautas, kuriuo maitinamas didysis Gangas.
Upės ištakos yra Tibeto plynaukštės teritorijoje (pietinė dalis, Manasarovaro ežero plotas). Ghaghra yra ilgiausia ir didžiausia upė Nepale. Pagrindinis upių maitinimo būdas: aukštupyje yra ledynų ir ištirpusio sniego vanduo; doji laikotarpiu maitinami žemupiai. Upė ypač srauni pavasarį ir vasarą. Šiuo metų laiku Ghaghroje galimi dideli potvyniai. Upės vanduo daugiausia naudojamas drėkinimui.
Dudh-Kosi upė
Viena iš Nepalo upių, kuri yra viena aukščiausių kalnų upių ne tik šalyje, bet ir visame pasaulyje. Upės šaltinis yra Gokyo ežeras. Tada srovė nusileidžia į taką Namche-Bazar, kur Dudh-Kosi vandenys susilieja su kita upe-Bhote-Kosi.
Upė puikiai tinka plaustais plaustais, tačiau reikia nepamiršti, kad šis maršrutas netinka pradedantiesiems.
Rapti upė
Rapti yra upė Nepale ir Indijoje, jos bendras ilgis yra 600 kilometrų. Upės šaltinis yra Sivaliko kalnų teritorijoje.