Tadžikistano upės yra tekančios ir daugiausia priklauso Aralo jūros baseinui. Ir tik keletas įteka į Karakulo ežero ar Tarimos upės vandenis.
Amu Darja upė
Amu Darja kanalas eina per keturių šalių teritoriją - Afganistaną, Tadžikistaną, Uzbekistaną ir Turkmėnistaną. Bendras kanalo ilgis yra 2400 kilometrų. Iš jų 1415 kilometrų eina per šalį. Amu Darjos šaltinį sudaro dviejų upių - Vakhsh ir Pyanj - santaka. Upės žiotys yra Aralo jūros vandenys (santakoje ji sudaro didelę deltą).
Prie upės intakų nedaug. Vidutiniškai Amu Darja gauna Kafirnigan, Surkhandarya ir Sherebad vandenis, taip pat vieną kairįjį intaką - Kunduz upę. Ir toliau, iki santakos vietos, intakų nebėra. Upės vandenys aktyviai naudojami, todėl Amu Darja nepasiekia Aralo jūros. Būtent tai tapo viena iš jos išdžiūvimo priežasčių.
Amu Darjos vandenyse yra gana daug įvairių žuvų veislių: asp; Plikas vyras; aralo šamas; karšiai; sabrefish; sidabrinis karpis; Baltas amūras; neapykanta.
Vanj upė
Viena iš upių, kurios kanalas yra išskirtinai Tadžikistano teritorijoje. Tai dešinysis Pyanj upės intakas. Bendras upės ilgis yra 103 kilometrai. Šaltinį suformuoja dviejų upių santaka - viena nusileidžia nuo Vanch kalnagūbrio ledynų, kita - nuo Mokslų akademijos keteros (vakarinis šlaitas). Kanalas eina tarp Vanch ir Darvaz kalnagūbrių.
Kaškadarjos upė
Teritoriniu požiūriu upės vaga eina per Tadžikistano (Sughd regionas) ir Uzbekistano (Kaškadarjos sritis) žemes. Tradiciškai upė turi tris pavadinimus: aukštupyje - Obikhunda; vidurinis kursas - Shinachasai; žemesnė - Maimanakadarya.
Bendras kanalo ilgis yra 378 kilometrai. Upės ištakos yra 2960 metrų aukštyje virš jūros lygio ir ją sudaro dvi neįvardytos upės. Pagrindiniai intakai: Akdarya (Aksu); Tanhidizadarya; Guzardarya.
Muksu upė
Bendras kanalo ilgis yra 88 kilometrai. Muksu yra Tadžikistano Jirgatal regione. Šaltinis yra dviejų upių: Seldaros ir Sauksojaus (Fedčenko ir Didžiojo Saukdaro ledynai) santaka.
Kuzylsu upė
Kyzylsu, reiškianti „raudonąją upę“, teka per Kirgizijos ir Tadžikistano teritorijas. Šaltinis yra Trans-Alai kalnų šlaitai. Bendras kanalo ilgis yra 235 kilometrai. Santakoje su Muksu upe atsiranda Vakhsh upė.
Vakhsh upė
Bendras upės kanalo ilgis yra 786 kilometrai, ir jie visi eina per Tadžikistano teritoriją. Upės ištakos yra Pamiro šlaituose, tačiau jos susiliejimo su Pyanj upės vandenimis vieta sukelia didžiąją Amu Darją. Upė yra pagrindinis drėkinimo ir energijos gamybos šaltinis.
