Madagaskaro upės sraunios. Visos pagrindinės salos upės teka iš rytų į vakarus.
Betsibuka upė
Upės vaga yra šiaurės vakarinėje salos dalyje. Bendras srovės ilgis yra 525 kilometrai. Ir tai yra viena didžiausių salų upių. Betsibuka pasižymi išskirtine raudonai ruda vandens spalva. Šio reiškinio paaiškinimas yra labai paprastas - upės vandenyse yra daug nuosėdų, kurias upė nuneša į jūrą.
Upės šaltinis yra salos centre (į šiaurę nuo Antananarivo provincijos). Upė kilusi iš dviejų upių - Amparihibe ir Dzabu - santakos. Po to Betsibuka leidžiasi į šiaurę, pasimėgaudamas Ikupa upės vandenimis (netoli Maevatanana miesto). „Betsibuca“įteka į Bumbetuca įlankos (Mozambiko sąsiauris) vandenis, krisdama sudaro deltą. Upės vaga plaukiama 130 kilometrų aukštyn nuo santakos vietos.
Rausvai rudas upės vandens atspalvis yra ekologinės nelaimės ženklas. Salos paviršiaus miškų naikinimas pagreitino dirvožemio erozijos procesą. Todėl bendras vandens išplautas žemės plotas yra neįtikėtinai didžiulis. Ir kadangi tai daugiausia raudoni lateitiniai dirvožemiai, taigi ir vandens atspalvis.
Upės nešamos nuosėdos savo vandenyse nusėda Betsibuko žiočių dugne. Ir tai yra viena iš Bumbetukos įlankos dugno dumblo priežasčių. Būtent dėl šios priežasties čia esantis Mahajangos miesto uostas buvo perkeltas į išorinę salos pakrantę, nes kilo grėsmė nusileisti ant vandenyno plaukiojančius laivus.
Mangoki upė
Upė teka per pietvakarinės salos dalies žemes. Bendras Mangoki srovės ilgis yra 564 kilometrai. Ir tai yra ilgiausia Madagaskaro upė.
Šaltinis yra Fianarantsoa provincijoje (Centrinio kalnagūbrio šlaituose). Tada upė teka į vakarus, eina per Tuljaros provincijos žemes. Santakos vieta yra Mozambiko sąsiaurio (netoli Morombės miesto) vandenys. Kai į jį patenka, susidaro didelė delta.
Mangoki kanalas eina per sudėtingą reljefą. Pietinėje deltos dalyje gausu barjerinių salų, seklumų ir aliuvinių iešmų. Šiaurinėje deltos dalyje gausu pelkių ir mangrovių.
Maninguri upė
Maninguri upė yra rytinėje Madagaskaro dalyje, jos bendras ilgis yra 260 kilometrų. Upės šaltinis yra Alautros ežere. Bendras upės baseino plotas yra 12 645 kvadratiniai kilometrai. Upė pasižymi neramia srove. Susiliejimo vieta yra Indijos vandenyno vandenys (netoli Ampasina miesto).
