Vologda yra to paties pavadinimo upės dešiniajame krante, kuris yra senovinis vandens kelias, jungęs šį miestą per Sukhonos ir Šeksnos upių baseinus su Archangelsku.
Pirmą kartą istoriniuose šaltiniuose miestas paminėtas XII a. XV amžiuje Vologdą valdė Veliki Novgorodas. Nuo 1462 m. Dvidešimt metų Vologda buvo apanažų kunigaikštystės centras, tačiau nuo 1481 m. Ji priklausė Maskvos kunigaikštystei, kurios valdovas tuomet buvo Ivanas III.
1565 m. Ivanas Siaubas nusprendė įsteigti savo antrąją oprichninos rezidenciją Vologdoje. Jis norėjo čia pastatyti akmeninį Kremlių ir tvirtovę. Tūkstančiai amatininkų ir valstiečių buvo gabenami į Vologdą, o statyboms vadovavo anglų inžinierius H. Locke. Pagal planą Kremlius buvo stačiakampis. Šiaurinėje pusėje jį saugojo Vologdos upė, o iš abiejų pusių buvo iškastas griovys su vandeniu. Tačiau 1571 m. Įvykęs Krymo chano reidas ir Vologdoje prasidėjęs maras privertė Ivaną IV grįžti į Maskvą. Išėjus karaliui, statybos nutrūko.
Kadangi nebuvo rimtų įtvirtinimų, Vologda labai nukentėjo nuo Lenkijos ir Lietuvos kariuomenės invazijos 1612 m. Tačiau miestas buvo greitai atstatytas ir net viršijo buvusį dydį. Iki XVII amžiaus pabaigos istorinį Vologdos centrą sudarė keturios dalys: miestas, Verkhniy Posad, Nizhniy Posad ir Zarechye. Tačiau XVIII amžiaus pradžioje ekonominė Vologdos padėtis šiek tiek susilpnėjo dėl Sankt Peterburgo įkūrimo ir prekybos Baltijos jūroje vystymosi.
1708 metais Vologda buvo įtraukta į Archangelsko sritį. Bet jau 1719 metais miestas tapo Vologdos provincijos centru, o 1796 metais - Vologdos provincijos centru, kuris gyvavo iki 1929 m.
XIX amžiuje miestas tapo daugelio inteligentijos narių politinės tremties vieta. 1918 metais Vologda 5 mėnesius atliko Rusijos „diplomatinės sostinės“vaidmenį. Sudarius Bresto taikos sutartį, čia laikinai persikėlė ambasados ir misijos iš 11 pagrindinių valstybių, visų pirma: JAV, Didžiosios Britanijos, Prancūzijos, Japonijos, Kinijos, Brazilijos ir kt.
Dabar Vologda yra populiarus turizmo centras, kurį lanko ir rusai, ir užsienio turistai.
