Estijos upės yra labai mažos ir tarp septynių šimtų šalies upių tik devynios gali pasigirti įveikusios šimto kilometrų ribą.
Piusos upė
Piusa eina per dviejų valstybių - Estijos Respublikos ir Rusijos - teritorijas. Bendras upės vagos ilgis yra devyniasdešimt trys kilometrai. Skirstymas yra toks: Estijai priklauso aštuoniasdešimt kilometrų Piusos; Rusijos teritorijos dalis sudarė nedidelį trylika kilometrų. Bendras baseino plotas yra 796 kvadratiniai kilometrai.
Upės šaltinis yra Estijos žemėse Alasjärv ežero vandenyse (Villa kaimas, esantis pietvakarių kryptimi nuo Vastseliina kaimo - dvylika kilometrų). Upės žiotys yra Peipsi ežero veidrodis, netoli Budovizh kaimo. Santakoje Piusu dalijasi, į ežerą įteka dviem šakomis.
Vidurinė upės dalis - aštuoniolika kilometrų tarp Vastseliinos ir Saetamme kaimų - eina palei gražią įdubą. Būtent ji tapo vieta, kur buvo organizuotas draustinis. Jis buvo įkurtas 1965 m. Ir apima plotą, kurio bendras plotas yra daugiau nei devyni kvadratiniai kilometrai.
Võhandu upė
Võhandu yra ilgiausias vandens kelias respublikoje. Bendras jo ilgis yra šimtas šešiasdešimt du kilometrai. Võhandu šaltinis yra netoli Estijos gyvenvietės Savernos. Po to jis praeina per Jiksi ežero gelmes ir užbaigia kelionę, prisijungdamas prie Šilto ežero vandenų. Tai atsitinka netoli nuo Võõpsu kaimo.
Pastebėtina, kad prieš Vagulos ežerą gyventojai šią upę vadina Pyhajõgi, bet jai išėjus iš jos vandenų - Voo.
Laivai plaukia palei upę Peipsio ežero riba ir uostu, esančiu Võõpsu kaimo teritorijoje. Daugybė upelių yra pagrindiniai vandens tiekėjai į Võhandu.
Pernu upė
Pernu yra Estijos upė, kurios bendras ilgis yra šimtas keturiasdešimt keturi kilometrai. Bendras baseino plotas yra beveik septyni kvadratiniai kilometrai. Upės šaltinis yra miniatiūrinis, šaltinio kilmės ežeras (netoli Roosno-Alliku), tačiau jis baigiasi Pernu maršrutu, įtekančiu į Pärnuso įlankos (Rygos įlankos dalis, Baltijos vandenų sritis) vandenis..
Upė maitinama mišriai. O jei aukštupyje požeminiai vandenys tampa tiekėjais, tai žemupyje lyja. Upė ne visada užšąla žiemą. Jei taip atsitiks, ledas susidaro maždaug nuo antrojo gruodžio dešimtmečio ir tęsiasi iki kovo pabaigos.
Upę galima plaukioti tik netoli jos santakos vietos. Upės vagą vienuolika vietų užtvenkia užtvankos.
